Dalam upaya meningkatkan profesionalisme dalam proses belajar – mengajar dan juga untuk meningkatkan kemampuan daripada lulusannya, maka kampus terpadu Ngudi Waluyo juga menjalin kerjasama dengan lembaga lain, baik lembaga pemerintah maupun lembaga swasta lainnya.

Sampai kini lembaga – lembaga yang telah bekerja sama dengan yayasan Ngudi Waluyo diantaranya : RS.DR Kariadi, RSU Ungaran, RSU Ambarawa, RSU Magelang, RSU Salatiga, Universitas Diponegoro (UNDIP), Universitas Islam Sultan Agung (UNISULA), Lembaga Pengabdian kepada Masyarakat (LPM) Universitas Negeri Semarang (UNNES), puskesmas di seluruh wilayah Kabupaten Semarang dan Kendal.